Erstmals im 14. Jahrhundert und erneut von 1630 bis 1821 befand sich Schloss Hrubá Skála (Groß Skal) im Besitz der Waldsteiner. Die Herrschaft und das Schloss Mnichovo Hradiště (Münchengrätz) besaßen sie von 1623 bis 1945; Wallenstein hatte sie erworben und 1627 an seinen Neffen Maximilian verkauft. Das Palais Waldstein in Prag wurde 1623–30 für Wallenstein errichtet, nach seiner Ermordung 1634 konfisziert, aber später von Maximilian zurückgekauft und blieb bis 1945 im Besitz der Familie. Auch die Herrschaft Bělá pod Bezdězem (Weißwasser) hatte Wallenstein 1622 erworben; nach seinem Tode wurde sie konfisziert, jedoch 1678 von Graf Ernst von Waldstein zurückerworben und ebenfalls bis 1945 von der Familie gehalten; zu Weißwasser gehörte unter anderem das Schlossgut Kuřívody (Hühnerwasser). Jičín, mit dem von Wallenstein errichteten Residenzschloss, ging der Familie nach seinem Tod, wie die meisten seiner sonstigen Besitzungen, darunter Schloss Friedland, Schloss Reichenberg und das schlesische Herzogtum Sagan, wieder verloren (siehe: Herzogtum Friedland).
Hirschberg blieb für längere Zeit im Besitz der Familie. Horní Litvínov (Oberleutensdorf) kam 1642 von den Lobkowicz durch Heirat an die Waldstein, zusammen mit Niederleutensdorf, Niedergeorgenthal und der Herrschaft Dux, mit der diese Besitze zu einem Familienfideikommiss zusammengeschlossen wurden. Zum Ende des 17. Jahrhunderts ließen die Grafen von Waldstein anstelle der alten Feste nach Plänen von Giovanni Domenico Canevalle ein Herrenhaus errichten. Kloster Třebíč wurde säkularisiert und zu einem Schloss umgewandelt und gelangte 1582 an die Waldstein. Schloss Karlslust im Waldviertel (Niederösterreich) ging durch Erbschaft 1945 in den Besitz der Grafen von Waldstein-Wartenberg über, die zugleich auch Eigentümer des Gutsbesitzes in Niederfladnitz mit der dazugehörigen Burg Kaja wurden, die sie bis heute besitzen.
