Ast Pirnitz (Brtnice)
Die Linie der mährischen Waldsteiner begründete Zdeneks Enkel Botho von Waldstein (Půta z Valdštejna) († 1355). Seine Nachkommen besaßen Güter in Pirnitz, Ruckstein, Ungersberg und Mährisch Budwitz. Mitglieder der Familie bekleideten hohe Landesämter: Landeshauptleute waren beispielsweise Hachek (Hašek) († 1425), Burian († 1544), Zdenek (Zdeněk) († 1564) und Heinrich (Jindřich) († 1589). Hynek von Waldstein wurde 1588 Oberstkämmerer.
Der letzte Vertreter dieser Linie war Zdenek von Waldstein auf Pirnitz (Zdeňek z Valdštejna na Brtnici) († 1623), einer der reichsten mährischen Adligen seiner Zeit. Er wurde an den Universitäten in Straßburg und Orléans ausgebildet und nahm 1618 bis 1620 als Mitglied des Direktoriums der Ständeregierung am Standesaufstand teil. Der Kämmerer des Winterkönigs Friedrich V. wurde nach der Schlacht am Weißen Berg in Iglau festgenommen und zum Tode verurteilt, das Urteil wurde aber später vom Kaiser zur lebenslangen Haft abgemildert. Zdenek starb in der Brünner Festung Špilberk. 1623 wurden seine drei Herrschaften unter katholischen Adligen aufgeteilt. Pirnitz ging an Rambold XIII. von Collalto, Ungersberg an Thomas Cerboni und Mährisch Budwitz an Hannibal von Schaumburg.
Ast Dobrowitz (Dobrovice)
Das Gut in Dobrowitz fiel den Waldsteinern zu, nachdem Heinrich von Waldstein 1545 Anna von Wartenberg heiratete. Die reiche Witwe des Burggrafen Johann von Dohna kaufte das Dorf und die Herrschaft Dobroviceves, ihr Sohn Heník (1568–1. Mai 1623) vergrößerte das Gut und ließ Dobrowitz zur Stadt ernennen. Schließlich gehörte die Herrschaft zu den größten im Gebiet Jungbunzlau. In der Stadt wurde eine Lateinschule gegründet, im Schloss 1610 eine Druckerei errichtet. 1616 veröffentlichte Heník eine Schrift, in der er Kaiser Rudolf II. und König Matthias angriff. Er wurde vor Gericht geladen. Damit er nicht verurteilt werden konnte, ließ er den Zeugen, den Drucker Mizera, heimlich hinrichten. Die Tat wurde entdeckt und Heník musste an den Kaiser eine Geldstrafe entrichten. Schließlich flüchtete er nach Sachsen und starb in Dresden unter mysteriösen Umständen; er soll mit seiner Frau vergiftet worden sein. Der einzige Sohn Heinrich wurde achtzehnjährig ebenfalls in Dresden erschossen. Das konfiszierte Vermögen erhielt Albrecht Wenzel Eusebius von Waldstein. Das Gut, ungefähr 50.000 ha, blieb im Familienbesitz, bis es 1734 durch eine weitere Vermählung in die Hände des Hauses Fürstenberg kam.
Ast Dux (Duchcov)
Maximilian († 18. Februar 1655) heiratete die Witwe des Franz Josef Popel von Lobkowitz, Polyxena von Talmberg, die in die Ehe das Erbe ihres Mannes einbrachte, darunter Münchengrätz, Valečov, Klášter Hradiště nad Jizerou, Dobrowitz, Loučeň, Zvířetice, Stauding, Großskal, Kněžmost und Duchcov. Dadurch wuchs das Vermögen der Waldsteiner weiter beträchtlich an.
Maximilians jüngster Sohn und Erbe von Schloss Dux war Johann Friedrich von Waldstein Bischof von Königgrätz und Erzbischof von Prag. Als er das Familienerbe übernahm, war er zehn Jahre alt. 1664 bestätigte er den Einwohnern von Dux die Stadtprivilegien. 1671 ließ er in Dux eine Brauerei bauen und erleichterte seinen Untergebenen die Fronarbeit. Die Einnahmen aus Abgaben durfte die Stadt behalten. Die Verwaltung wurde in die Hand der Bürger gegeben. Johann Friedrich berief auch zahlreiche Künstler nach Böhmen, darunter den französischen Architekten Jean Baptiste Mathey, Marc Antonio Canevalle und Giovanni Domenico Orsi de Orsini, die an seinen Bauwerken in Dux, Oberleutensdorf, Obergeorgenthal und Prag arbeiteten. Auch weitere Persönlichkeiten waren bei ihm zu Gast, so der Hauptmann Kilian Ernst Miebes und sein Beichtvater Johann Christoph Heymann. Die Bautätigkeiten führten zur Gründung von Zulieferbetrieben wie Ziegeleien und Kalköfen.
Johann Friedrich starb 1694, worauf sein Bruder Ferdinand Ernst Josef die Duxer Herrschaft übernahm. Dessen Sohn Johann Josef von Waldstein erbte das Vermögen 1707. Sein Duxer Vermögen wurde 1731 an seinen Neffen Franz Josef vermacht. Dieser war ebenfalls ein Kulturmäzen, der während seiner Regentschaft Künstler wie Benedikt Wurzelbauer, der in Dux eine Venusfontäne erstellte (jetzt im Prager Waldstein-Palast), aber auch Matthias Bernhard Braun oder den Duxer Bildhauer Matthias Kühnel förderte. Er ließ in Dux die auf dem Rathausplatz noch heute stehende Pestsäule der Heiligen Dreifaltigkeit erbauen. 1758 erbte er das Wappen und den Namen der Herren von Wartenberg.
Emanuel Philibert von Waldstein (2. Februar 1731–22. Mai 1775) übernahm 1760 die Herrschaft über das Gebiet. Für seine Frau Maria Anna Theresia von Liechtenstein ließ er im Erzgebirge in der Nähe des Ortes Fleyh das Jagdschloss Lichtenwald erbauen. In Dux errichtete er eine Strumpfmanufaktur und unter seiner Regentschaft wurde auch die erste Kohlengrube Heilige Dreifaltigkeit in Betrieb genommen.
Nachfolger wurde 1774 sein erster Sohn Josef Karl Emanuel (16. Februar 1755–17. März 1814), ebenfalls wie seine Vorfahren großer Liebhaber der Künste und Wissenschaft. 1785 lud er den Weltenbummler und Philosophen Giacomo Casanova auf sein Schloss in Dux ein, der hier 13 Jahre lang als Bibliothekar arbeitete und den Großteil seiner literarischen Werke verfasste. Aber auch Friedrich Schiller, Johann Wolfgang von Goethe, sowie der Komponist und Freund seines Bruders Ferdinand Ernst, Ludwig van Beethoven, zählten zu seinen Gästen. Ludwig van Beethoven widmete diesem eine seiner bis heute vielgespielten Klaviersonaten, die unter dem Titel des Geschlechtes derer von Waldstein populär wurde und ist. Nach der Schlacht bei Kulm bewirtete er den russischen Zar Alexander I. und dessen Bruder Konstantin Pawlowitsch Romanow, den preußischen König Friedrich Wilhelm III., den österreichischen Kanzler Metternich, den Fürsten Schwarzenberg und den Marschall Josef Wenzel Radetzky von Radetz.
Nach Josef Karl Emanuels Tod übernahm 1814 sein Sohn Franz Adam von Waldstein das Erbe. Er war ursprünglich Soldat, später bedeutender Forscher und Botaniker. Franz Adam vermachte dem Nationalmuseum in Prag sein Herbarium, welches er auf seinen Reisen zusammenstellte. Ihm folgten Ferdinand Ernst von Waldstein, Generalleutnant der britischen Armee und Komtur des Deutschen Ordens in Virneberg und Georg Josef (11. April 1768–26. April 1825).
Anton (* 11. Juli 1793; † 13. März 1848), erstgeborener Sohn von Georg Josef, war einer der letzten bedeutenden Waldsteiner des Duxer Geschlechts. Er baute die Bibliothek, die unter anderem von František Palacký besucht wurde, mit 22 Tausend Bänden weiter aus. Zu seinen Gästen, die hier ihre Konzerte gaben, gehörte Frédéric Chopin. 1835 organisierte er eine große Militärparade zur Ehre der Monarchen von Deutschland und Russland. 1838 wurde ihm der Fürstentitel angetragen, aber da ihm der deutsche Geldadel nichts bedeutete, antwortete er mit den Worten Lieber ein alter böhmischer Graf, als ein junger deutscher Fürst.
Der Duxer Zweig der Waldsteiner starb 1901 aus.
Ast Jettenitz (Dětenice)
Wallenstein erwarb Jettenitz 1622 aus konfisziertem Besitz einer aufständischen Familie von der Böhmischen Kammer und verkaufte es später an seinen Verwandten Adam von Waldstein, einen Nachfahren des Hašek von Waldstein († 1452 oder später), Heerführer in den Hussitenkriegen sowie Landeshauptmann von Mähren und der Grafschaft Glatz. Im 18. Jahrhundert ging es durch Heirat aus der Familie.
Ast Lomnitz (Lomnice)
Der erste Vertreter dieses Astes war Johann Skalsky von Waldstein auf Horschitz (Jan Skalský z Valdštejna na Hořicích) († 1506). Der Sohn von Henik und Eigentümer der Höfe Swijan und Semil sowie der Felsenburg Vranov und der Burg Friedstein zählt mit Zdenek zu den Gründern des Geschlechts. Seine Söhne Wilhelm (Vilém) († 1557) und Zdenek (Zdeněk) († 1525) begründeten den Ast der „Waldstein von Lomnitz und Hostinetz“. Die „Hostinitzer“ starben 1634 mit ihrem berühmtesten Vertreter, Wallenstein, aus. Das heutige Barockschloss Lomnitz wurde erst 1737 von Familie Morzin errichtet.
Ast Stephanitz (Štěpanice)
Die Burg Burg Stephanitz (Gemeinde Benecko) wurde in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts von den Herren von Waldstein gegründet und erstmals schriftlich 1304 erwähnt, als sie Jan von Waldstein gehörte. Ab Anfang des 16. Jahrhunderts begann sie zu verfallen und ist heute eine Ruine.
Henning von Waldstein (Hynek Goldenstein) († 1427) aus dem Stepanitzer Zweig kämpfte auf Seiten der Hussiten 1420 bei Vyšehrad und 1426 bei Aussig. Er hielt ursprünglich die Burg Goldenstein (Koldštejn) in Nordmähren, errichtete 1414 auch die Felsenburg Vranov und gehörte zu den führenden politisch aktiven Vertretern der Prager Utraquisten (Kelchbrüdern). Er setzte sich für die Einsetzung des polnischen Königs als König von Böhmen ein. 1427 wurde er in Prag bei dem Versuch, die Stadt für den polnischen Prinzen Sigismund von Korybut einzunehmen, getötet.